Приветствую!
Перепрошить айфон без потери джейлбрейка невозможно. В любом случае удалится всё, что вы ставили из Сидии, и придётся вручную восстанавливать эти пакеты.
Причина этого - форматирование корневого раздела айфона в процессе прошивки. Родные системные приложения туда потом заливаются обратно, а вот неродные из Cydia стираются насовсем.