из iTunes точно ничего не удалится, но при синхронизации iTunes затрет все те программы в айфоне, которых нет в аютюнсе на том компе, с которого запущена синхронизация.
что касается остальной информации (контакты, заметки и т.п), то iTunes спросит, что делать со сведениями в айфоне - либо они затираются безвозвратно, либо они объединяются с имеющимися на вашем компе. если выберете объединение, то все ваши контакты, заметки и прочая инфа перепутаются с инфой друга - как на компе, так и на айфоне